1. Pondok Pesantren Langitan
Pondok Pesantren Langitan adalah salah satu lembaga pendidikan Islam
tertua di Indonesia. Berdirinya lembaga ini jauh sebelum Indonesia
merdeka yaitu tepatnya pada tahun 1852, di Dusun Mandungan, Desa Widang,
Kecamatan Widang, Tuban, Jawa Timur. Komplek Pondok Pesantren Langitan
terletak di samping bengawan Solo dan berada di atas areal tanah seluas
kurang lebih 7 hektar.
http://langitan.net/
2. Pondok Pesantren Tebuireng
Pondok Pesantren Tebuireng adalah salah satu pesantren terbesar di
Kabupaten Jombang, Jawa Timur. Pesantren ini didirikan oleh KH. Hasyim
Asy’arie pada tahun 1899. Selain materi pelajaran mengenai pengetahuan
agama Islam, ilmu syari’at, dan bahasa Arab, pelajaran umum juga
dimasukkan ke dalam struktur kurikulum pengajarannya. Pesantren
Tebuireng telah banyak memberikan konstribusi dan sumbangan kepada
masyarakat luas baik, terutama dalam dunia pendidikan Islam di
Indonesia.
http://www.tebuireng.net/
3.Pondok Pesantren Miftahul Huda
Pondok Pesantren MIFTAHUL HUDA didirikan oleh almarhum KH. Choer Affandi (dikenal dengan julukan
UWA Ajengan)
beserta istri (Hj. Siti Shofiyyah) pada tanggal 7 Agustus 1967.
Berlokasi di Kedusunan Pasirpanjang, Desa Kalimanggis, Kecamatan
Manonjaya, Kabupaten Tasikmalaya, Propinsi Jawa Barat, jarak dari Kota
Tasikmalaya 13 km. ke arah Timur, dari ibu kota Kecamatan 1 km. ke arah
Tenggara dan 8 km. dari ibu kota Ciamis ke arah Barat Daya.kini memiliki 1.000 lebih cabang Pesantren yang tersebar di Daerah Jawa dan Sumatera,dengan ciri khas nama pesantren cabang terdapat kata Miftahul atau Huda,misalnya miftahul falah,darul huda,nurul huda,dll.
situs resmi:
http://miftahul-huda.com
4. Pondok Pesantren Al Ihya Ulumuddin
pada 24 Nopember 1925 didirikan pondok pesantren di Desa Kesugihan,
Kecamatan Kesugihan, Kabupaten Cilacap, yang kemudian dikenal dengan
nama pondok pesantren Kesugihan. Kepemimpinan ponpes ini kemudian
dilanjutkan oleh KH Ahmad Mustholih dan KH Chasbulloh Badawi, putra
pendiri.
5.Ponpes Asy Syafi’iah Nahdatul Wathon
Maulana al-Syaikh Tuan Guru Kyai Hajji Muhammad Zainuddin Abdul Madjid
Muhammad Zainuddin Abdul Madjid belajar di Tanah Suci Mekah selama 13
tahun kemudian kembali ke Indonesia atas perintah dari guru beliau yang
paling di kagumi, yakni Syaikh Hasan Muhammad al-Masysyath, pada tahun
1934. Setiba di Pulau Lombok beliau mendirikan Sekembali dari Tanah Suci
Mekah ke Indonesia mula-mula beliau mendirikan pesantren al-Mujahidin
pada tahun 1934 M. kemudian pada tanggal 15 Jumadil Akhir 1356 H/22
Agustus 1937 M. beliau mendirikan Madrasah Nahdlatul Wathan Diniyah
Islamiyah (NWDI). Madrasah ini khusus untuk mendidik kaum pria. Kemudian
pada tanggal 15 Rabiul Akhir 1362 H/21 April 1943 M. beliau mendirikan
madrasah Nahdlatul Banat Diniah Islamiyah (NBDI) khusus untuk kaum
wanita. Kedua madrasah ini merupakan madrasah pertama di Pulau Lombok
yang terus berkembang dan merupakan cikal bakal dari semua madrasah yang
bernaung di bawah organisasi Nahdlatul Wathan. Dan secara khusus nama
madrasah tersebut diabadikan menjadi nama pondok pesantren ‘Dar
al-Nahdlatain Nahdlatul Wathan’. Istilah ‘Nahdlatain’ diambil dari kedua
madrasah tersebut. Beliau aktif berdakwah keliling desa di Pulau Lombok
dan mengajar.
http://www.nahdlatulwathan.org/
6. Pondok Pesantren Al Khairaat
guru besar alalamah sayid idrus bin salim aljufri pendiri sebuah
yayasan lembaga pendidikan islam alkahirat, beliau di lahirkan di taris,
hadramaut pada14 sya’ban 1309 H bertepatan dengan 15 maret 1881 M,
ulama hadramaut yang berhijrah ke indonesia dan menetap di palu
(sulawesi tengah). yayasan alkahiraat, yang kini telah memiliki cabang
lebih dari 1800 madrasah dan sekolah, terdiri dari TK, SD, SMP, SMA,
SMK, MI, MTS, MA, hingga Universitas.
7.Pondok pesantren Putri Al Kenaniyah
Pondok pesantren ini diresmikan pada tanggal 4 Sya’ban 1414 H/ 16
Januari 1944 M, oleh para Alim Ulama, diantaranya adalah mantan presiden
RI ke 4 Bapak KH. Abdurrahman Wahid, KH. Syamsuri Badawi dan KH. Zayadi
Muhajir serta beberapa tokoh masyarakat disekitar Kecamatan Pulo Gadung
Jakarta Timur.
.